霍華休斯醫學研究所

身為霍華休斯醫學研究所的軟體工程師，我參與一個名為 CATMAID 的協作神經元重建和分析軟體 1 2 (螢幕截圖：3)，這個軟體用於神經科學研究。我們使用 PostGIS 在 3D 空間中表示神經元。

它們由 3D 點組成，這些點參考它們的父節點，如果沒有父節點，則為根節點 [=神經元的細胞體]。 連同突觸、點雲和 TIN 網格一起，用於模擬數據集中的區隔，它們模擬我們神經科學世界的空間面向。使用者以協作方式手動創建這些神經元重建，並且可以使用分割程式作為額外數據來源。利用其空間索引，PostGIS 幫助我們快速查詢特定視野中的神經元。單個專案的空間有時包含數億個相互連接的獨立點。我們還在神經元和區隔網格之間進行邊界框交叉查詢，然後在前端通過執行更精確的交叉測試來細化。

這個軟體被相當多的研究實驗室使用，據我所知，他們都使用專用伺服器進行自己的託管，這也是我們所做的。主要原因是在較大的數據集下，我們受益於具有大量 RAM（>256G）、快速 SSD/NVMe 驅動器和許多 CPU 以及快速本地數據訪問（例如影像數據）的機器。

非常感謝讓 PostGIS 在非 GIS 環境中也能良好運作 - 這讓我的工作輕鬆很多！